علی‌رضا زاکانی با اشاره به این‌که برای رفتن به شهرداری تهران با رئیسی و قالیباف مشورت کرده، در رشته توییتی نوشت: «در دیدار قالیباف، ایشان گفت وزارت رفاه، وزارت بهداشت و دفتر رئیس‌جمهور برای شما مطرح است، بنده گفتم برای آن‌ها افراد بهتری وجود دارد و تحول شهرداری ارجح است.»

او به نقل از ابراهیم رئیسی گفت که قرار بوده از وی در سمت‌های دیگری در دولت استفاده شود و حتا تأیید آن نیز از رهبری اخذ شده بوده است، با این حال وقتی صحبت از شهرداری مطرح می‌شود، رئیسی نیز از این انتخاب استقبال می‌کند. در ادامه رئیسی از زاکانی خواسته تا در جلسات هیئت دولت حضور یابد.
اعضای شورای ششم شهر تهران روز یک‌شنبه در دومین جلسه خود علی‌رضا زاکانی را با ۱۸ رای از ۲۱ عضو به عنوان شهردار تهران انتخاب کردند.
اخیراً فایلی صوتی از مهدی چمران، رئیس ۸۰ ساله شورای شهر تهران منتشر شده که در آن به نرجس سلیمانی، فرزند قاسم سلیمانی می‌گوید زاکانی با «فشار و تهدید» به این سمت انتخاب شده است.
او در حالی که به نظر می‌رسد متوجه نیست که میکروفونش روشن است، می‌گوید :« من دیشب تا صبح نخوابیدم و یکی از بدترین شب‌ها بود حتا از زمان جنگ هم بدتر بود. اسامی غلط و غلوط رفته است، آخر یعنی چه؟ ... نمی‌شود. یک عده فشار می‌آورند. البته قانون نوشته انتخاب شهردار باید با رای مخفی باشد آن هم دلایلی دارد چون یک عده‌ای را می‌ترسانند و تهدید می‌کنند. حتا همین حالا با این‌که رای مخفی بوده گفته‌اند اگر رای ندهید چنین می‌کنیم و چنان می‌کنیم.»
زاکانی طی مدتی که ریاست مرکز پژوهش‌های مجلس را بر عهده داشت، اقدامات فراقانونی بسیاری انجام داده است.
در همین زمینه محمد مهاجری، در انتقاد از اقدامات زاکانی در مرکز پژوهش‌ها نوشت که در این نهاد حداکثر ۲۴۸ پست سازمانی وجود دارد، اما در دوره ریاست زاکانی به ۶۰۰ نفر حقوق ثابت و به افراد متعددی بابت پروژه‌های مثلاً تحقیقاتی پول داده شده است. همچنین او یکی از بستگان خود را به معاونت برگزیده است که آن شخص در طرح صیانت از فضای مجازی نقش پررنگی داشته است.