در ادامه سفرها و توافقات علی شمخانی به عنوان نماینده جمهوری اسلامی، دبیر شورای عالی امنیت ملی در سفر به عراق و در دیدار با مقام‌های این کشور به توافقاتی دست یافته که به گفته او می‌تواند ساز و کارهای جدیدی را برای دریافت مطالبات ایران از عراق برای خرید کالاهای اساسی ایجاد کند.

این در حالی‌ست که به صورت هم‌زمان کمال خرازی، مشاور رهبری در امور بین‌الملل و عباس عراقچی، عضو شورای راهبردی روابط خارجی که آن‌هم زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی فعالیت می‌کند به سوریه سفر کرده‌اند.
تمام این اتفاقات در حالی رخ می‌دهد که حسین امیرعبداللهیان تنها به بیان اظهاراتی در خصوص توافق میان ایران و آمریکا مشغول است؛ اظهاراتی که البته بلافاصله از سوی مقام‌های کاخ سفید دروغ و غیرواقعی خوانده می‌شوند. مجموعه این اتفاقات احتمالاً نشان از این دارد که وزارت امور خارجه در دولت ابراهیم رئيسی بیش از گذشته در حاشیه روندهای اجرایی مربوط به سیاست خارجی جمهوری اسلامی قرار گرفته است.
امیرعبداللهیان البته هرچند در حساب توییتری خود از «هماهنگی کامل» میان او و علی شمخانی سخن می‌گوید اما مشخص نیست این تأکید چندباره او بر مسأله هماهنگی تا چه اندازه می‌تواند نشانی از عدم هماهنگی پشت پرده داشته باشد.
به صورت کلی البته پرونده‌های مربوط به سیاست خارجی در جمهوری اسلامی در طی دهه‌های اخیر صرفاً از سوی وزارت امور خارجه دنبال و اجرایی نشده است؛ به صورتی که طی قانونی نانوشته، به ویژه تا زمانی که قاسم سلیمانی زنده بود، حتا تعیین معاون عربی آفریقایی وزارت امور خارجه با نظر او صورت می‌گرفت. ضمن این‌که شخص او و سپاه قدس با توجه به دامنه نفوذ این نهاد که باز هم زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی فعالیت می‌کند، پرونده‌های مربوط به منطقه خاورمیانه را پیگیری می‌کردند.
در مثالی برای تأیید این روند می‌توان به گفت‌وگوی سعید لیلاز با محمد جواد ظریف و صحبت‌های وزیر خارجه وقت اشاره کرد. جایی که او ضمن اشاره به جلسات هفتگی‌اش با قاسم سلیمانی، از عدم اطلاع خود درخصوص سفر رئيس جمهوری سوریه به ایران و همچنین ماجرای استفاده سپاه قدس از هواپیماهای ایران ایر و ماهان برای ارسال تسلیحات به سوریه اشاره می‌کند.
وظایف قاسم سلیمانی بر دوش شمخانی؟
هرچند امروز قاسم سلیمانی دیگر زنده نیست که فرماندهی سپاه قدس را برعهده داشته باشد اما به نظر می‌رسد طی ماه‌های اخیر رهبر جمهوری اسلامی به این نتیجه رسیده که به صورت پررنگ‌تری مسائل مربوط به سیاست خارجی را از سوی نیروهای معتمد و منصوب خود پیگیری کند. در این روند نقش علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی که نماینده رهبر جمهوری اسلامی در این شورا نیز هست، پررنگ‌تر از قبل شده است. این در حالی است که شمخانی به عنوان وزیر دفاع دولت محمد خاتمی، همواره به عنوان یکی از شخصیت‌های نزدیک به اصلاح‌طلبان و میانه‌روها در سپهر سیاسی ایران تعریف و تفسیر می‌شد. بر همین اساس هم زمانی که حسن روحانی در سال ۹۲ به عنوان رئيس جمهوری کار خود را آغاز کرد، شمخانی را جانشین سعید جلیلی در شورای عالی امنیت ملی کرد.
با این حال، هرچند شمخانی تا پایان دولت روحانی، بر سر کار خود ماند اما رسانه‌های ایران همواره از شکل‌گیری اختلافات میان دولت و او خبر می‌دادند.
 ریشه این اختلافات احتمالاً به توافق هسته‌ای ایران و گروه کشورهای ۵+۱ باز می‌گردد؛ جایی که شمخانی همواره با امضای این توافق مخالف بود. او همچنین چندین بار به صورت علنی در اظهارات خود امضای برجام را یک اشتباه خواند. همچنین در زمانی که گفت‌وگوهای احیای برجام با حضور عباس عراقچی به عنوان معاون وزیر امور خارجه در وین در جریان بود، نورنیوز، به عنوان رسانه وابسته به شورای عالی امنیت ملی همواره خبرهایی را به نقل از منابع آگاه منتشر می‌کرد که نشان می‌داد گفت‌وگوها یا در مسیر توافق نیست و یا مدعی می‌شد متن توافق روی میز خواسته‌های ایران را تأمین نمی‌کند.
روندی که نشان می‌داد شمخانی با احیای برجام دست‌کم با آن شرایطی که دولت روحانی بر سر جزئیات آن به توافق رسیده موافق نیست.
 پیش از آن هم زمان علی‌رضا اکبری، که سال‌ها در وزارت دفاع معاون شمخانی بود و به عنوان تحلیلگر نظامی و امنیتی با رسانه‌های ایران گفت‌وگو می‌کرد همواره ضمن نقد برجام و وزارت امور خارجه، با زبانی آکادمیک و تحلیلی تلاش می‌کرد از معایب این توافق و ایراداتی را که به باور او مدیریت ظریف داشته، بگوید. هرچند بعدها اکبری به دلیل آنچه جاسوسی برای بریتانیا خوانده شد دستگیر و اعدام شد اما به هر ترتیب همه از نزدیکی او و علی شمخانی اطلاع داشتند. اکبری در یکی از فایل‌های صوتی که از زندان به بیرون منتشر کرده بود به این مسأله اشاره می‌کند که در کیفرخواست او آمده که با اهدای یک ادکلن و پیراهن به شمخانی، اطلاعات محرمانه کشور را دریافت کرده و آن‌را به کشور بیگانه داده است.
در آن زمان حتا بسیاری از تحلیلگران ایران اعدام اکبری را به عنوان نشانه‌ای از حذف علی شمخانی قلم‌داد کردند و برکناری او از سمت دبیری شورای عالی امنیت ملی را گام بعدی در نظر گرفتند. به ویژه که او از معدود افرادی بود که با وجود تغییر دولت در پست حساس و مهم خود باقی ماند.
با این حال پس از گذشت چندین ماه از اعدام اکبری، نه تنها علی شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی کنار نرفت که حالا به نقشی تأثیرگذارتر از کل وزارت امور خارجه و حتا شخص ابراهیم رئيسی دست یافته است. او به تنهایی به چین می‌رود و با عالی‌ترین مقام امنیتی عربستان سعودی پیمان از سرگیری روابط می‌بنند و پس از آن به امارات و عراق سفر می‌کند و از کنار گذاشتن خصومت‌ها و بهبود مناسبات با کشورهای دوست سخن می‌گوید.
تضعیف دولت به نفع نهادهای غیرانتخابی؟
مجموعه این روندها احتمالاً استمرار یک برنامه کلان‌تر است که از سوی رهبران ارشد جمهوری اسلامی پی گرفته می‌شود؛ فرآیندی که طی آن مناصب انتخابی بیش از پیش تضعیف شوند و نهادهایی هم که زیر نظر این دستگاه‌های انتخابی هستند، بیش از گذشته به حاشیه رانده شوند. ابراهیم رئيسی در انتخاباتی که کم‌ترین میزان مشارکت را در تاریخ جمهوری اسلامی داشته به پیروزی می‌رسد و عمل‌کرد او حتا انتقاد اصول‌گرایان و نیروهای وابسته و وفادار به جمهوری اسلامی را هم به همراه دارد. از سوی دیگر وزارت امور خارجه که طی روندی استمراری بیش از گذشته به حاشیه رانده شده، حالا عملاً از صحنه کنار می‌رود و پرونده‌های مهم سیاست خارجی به صورت مستقیم از سوی افراد نزدیک و یا منصوب علی خامنه‌ای پی گرفته می‌شوند. ضمن این‌که نتیجه گرفتن چنین روندهایی فضا را برای تثبیت بی‌اعتبار نشان دادن نهادهای انتخابی بیش از گذشته فراهم می‌کند؛ در شرایطی که ابراهیم رئيسی و دولت او با بحران‌های عدیده‌ای در حوزه مسائل اقتصادی روبه‌رو هستند، افراد غیرانتخابی با رای مستقیم مردم روندهای مهم در سیاست خارجی کشور را مدیریت و اجرا می‌کنند.
روندی که می‌تواند نشان از برنامه‌ای کلان در جمهوری اسلامی داشته باشد که بر اساس آن مسوولیت اجرا و پیگیری پرونده‌های اساسی و بنیادین در جمهوری اسلامی بر عهده افرادی باشد که به صورت مستقیم از سوی رهبر جمهوری اسلامی منصوب شده باشند. شاید هم آن‌طور که وی در سخنرانی خود در روز ۲۵ مهر ۱۳۹۰ به آن اشاره کرده بود: «تغییر نظام سیاسی از ریاستی به پارلمانی احتمالاً درآینده دور مشکلی نداشته باشد.»