سازمان عفو بین‌الملل ساعاتی پس از اعلام نتایج اولیه انتخابات ریاست جمهوری اسلامی ایران و پیروزی سید ابراهیم رئیسی خواستار پیگرد کیفری وی به اتهام ارتکاب جنایت علیه بشریت شد.

انی‌یس کالامار، دبیرکل این سازمان غیردولتی گفت: «ابراهیم رئیسی به‌ جای آن‌که به دلیل ارتکاب جنایت علیه بشریت، قتل، ناپدیدی اجباری و شکنجه تحت تعقیب قرار گیرد، رئیس جمهوری آینده ایران خواهد بود.»
ابراهیم رئیسی که از نخستین سال‌های تأسیس جمهوری اسلامی در دادگستری سمت‌های بالایی از دادستانی کرج تا ریاست قوه قضائیه داشته، متهم به حضور در «هیأت مرگ» و مشارکت در صدور احکام اعدام خودسرانه برای هزاران نفر از زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ است.
دبیرکل عفو بین‌الملل می‌گوید: «[به قدرت رسیدن رئیسی] یادآور تلخ پابرجا ماندن بی‌کیفری در ایران است. در سال ۲۰۱۸، سازمان ما اسناد و مدارک حضور ابراهیم رئیسی در کمیسیون مرگ را جمع‌آوری و منتشر کرد؛ کمیسیونی که مسوول ناپدیدی اجباری و اعدام‌های خودسرانه و پنهانی هزاران زندانی سیاسی در اوین و گوهردشت در سال ۱۹۸۸ [۱۳۶۷] بود. مقامات جمهوری اسلامی وضعیت سرنوشت قربانیان و جای گورهای آن‌ها را تا امروز همواره پنهان کرده‌اند که نشانگر ادامه جنایت علیه بشریت است.»
در تابستان سال ۱۳۶۷ و در آستانه پذیرش قطع‌نامه آتش‌بس جنگ با عراق از سوی ایران، امام خمینی با صدور فرمانی خواستار تعیین تکلیف وضعیت زندانیان سیاسی وابسته به مجاهدین خلق در ایران شد و چهار قاضی، حسین‌علی نیری، مرتضا اشراقی، مصطفا پورمحمدی و ابراهیم رئیسی را مسوول رسیدگی به وضعیت این زندانیان کرد. در هفته‌های بعد و با اصرار سید احمد خمینی و شماری از مقام‌های عالی قضائی از جمله موسوی اردبیلی، رئیس شورای عالی قضائی و موافقت رهبر جمهوری اسلامی، موج اعدام‌ها به زندانیان چپ‌گرا در تمام استان‌ها و شهرستان‌های ایران تسری پیدا کرد.
در بخش دیگری از بیانیه عفو بین‌الملل آمده است: «علاوه بر این‌ها، ابراهیم رئیسی در دوران تصدی بر منصب ریاست قوه قضائیه از اسفند ۱۳۹۷، به عنوان مقام مافوق، ناظر بر دستگیری بی‌ضابطه هزاران تن از معترضان مسالمت‌جو، دگراندیشان و مخالفان، مدافعان حقوق بشر و اقلیت‌های مذهبی و قومی تحت ستم بوده است. قوه قضائیه تحت ریاست او، همچنین مصونیت مطلق به مسوولان دولتی و نیروهای امنیتی اعطا کرده است که مسوول کشتار سدها مرد، زن و کودک طی اعتراضات سراسری آبان ۹۸ و نیز دستگیری گسترده هزاران معترض و ارتکاب ناپدیدسازی قهری، شکنجه یا سایر رفتار‌های بی‌رحمانه، غیرانسانی و خوارکننده علیه سدها تن از آن‌ها بوده‌اند.»
در جریان اعتراض‌های آبان ۱۳۹۸ به افزایش ناگهانی قیمت بنزین در شهرهای مختلف ایران، دست‌کم سدها نفر جان خود را از دست دادند. تاکنون مقام‌های دولتی و قضائی جمهوری اسلامی حاضر به ارائه شمار دقیق جان‌باختگان این اعتراض‌ها نشده‌اند.
مدیر کل عفو بین‌الملل در پایان این بیانیه بار دیگر خواستار پیگرد کیفری ابراهیم رئیسی به اتهام «جنایات گذشته و حال حاضر» وی براساس مقررات بین‌المللی، به‌ویژه از سوی کشورهایی شد که صلاحیت جهانی را برای محاکم خود به رسمیت شناخته‌اند.
کالامار می‌گوید: «کشوری که در شورای حقوق بشر سازمان ملل متحد حضور دارد، هم‌اکنون سریع‌تر از هر زمان دیگری باید قدم‌هایی را برای رویارویی با بحران بی‌کیفری سازمان‌یافته در ایران بردارد. این گام‌ها به ویژه شامل برپایی یک سازوکار مستقل برای جمع‌آوری و تحلیل مهم‌ترین موارد ارتکاب جنایت علیه بشریت وفق مقررات بین‌المللی و به منظور تسهیل یک دادرسی عادلانه و مستقل در ایران می‌شود.»